所在地：栃木縣
批准時間：1999年
類別：文化遺產

1999年12月，「日光社寺」（日光的神社與寺院）以及相關遺跡（附近自然環境）被列入世界文化遺產名錄之中。日光社寺包括「兩社一寺」，即山岳信仰的聖地--二荒山神社、祭祀德川家康的日光東照宮以及與比叡山延曆寺等並稱「天台宗三山」的日光山輪王寺。

所在地：京都府、滋賀縣
批准時間：1994年
類別：文化遺產

在公元794年桓武天皇遷都平安京（今京都）後的1000多年間，京都一直是日本的首都。悠久的歷史孕育了根基深厚的日本傳統文化。時至今天，整個京都府依然充滿獨特的文化氣氛。情調濃郁的城市景觀以及極具歷史文化底蘊的建築物，與四季各異的自然風景相互融合，顯得格外美麗迷人。

京都有17處世界遺產。從平安時代至江戶時代期間，各個時期的形式上具有代表性的建築、庭園，以及作為重大歷史事件的舞台而聞名的建築物等，跨越千年時空，至今依然生動地向我們敘述着它們昔日的繁華。

所在地：兵庫縣
批准時間：1993年
類別：文化遺產

被譽為「日本第一名城」的姬路城是日本的國寶級城堡之一。正如其別稱「白鷺城」一樣，它形似白鷺展翅，造型無比優美。

伫立在城中央的大天守閣，從外觀看上去共有5層，但其建築結構上實質是包含１層於地底和6層於地面，共有7層。城內結構複雜如同迷宮，並設有各種機關及防衛設備，是一處堅固的軍事設施。然而，其純白色的外牆以及圓形、三角形、四方形呈規則排列的窗洞，還有門上裝飾性的鐵質配件等，無不匠心獨具，充分展示出戰國武士的審美情趣。

所在地：北海道
批准時間：2005年
類別：自然遺產

狹長的知床半島延伸於鄂霍次克海上，是地球上緯度最低的結冰的海域。當春季冰塊融化時，所產生的大量浮遊生物，吸引了三文魚等大批魚類及貝殼類在此悽息。產卵期間的三文魚從大海向河川回遊，被羆棕熊和白尾海雕等大型動物哺食，這些動物的排泄物和屍骸又作為植物的營養素回饋給陸地，如此生生不息，正正是知床半島一直良好地保持着的海陸雙方生態平衡。

野生動物數量繁多是知床的另一大特點。北狐、羆棕熊等陸棲哺乳類動物共有35種，胡麻斑海豹、北海獅和小鬚鯨等海棲哺乳類動物有28種，被指定為國家天然紀念物的毛腿漁鴞、黑啄木鳥等鳥類有264種、爬蟲類8種、兩棲類3種、昆蟲類更是多達2500多種。此外，已經發現並確定的植物共有817種，其中包括裂葉蒿以及知床獨有的知床堇等高山植物233種。

所在地：青森縣、秋田縣
批准時間：1993年
類別：自然遺產

白神山地包括從青森縣西南部一直到秋田縣西北部的大片山岳地帶，面積約13萬公頃。
這裏分佈着世界最大規模的山毛櫸天然原生林，由於基本沒有受到人為的影響，至今保留着豐富多樣的植物種類。
此外，山毛櫸原生林裏還悽息着多種野生動物。其中有被指定為國家天然紀念物的日本髭羚、日本獼猴以及黑熊等哺乳類動物14種，有被稱為「幻之啄木鳥」的國家天然紀念物黑啄木鳥以及金雕等鳥類84種，還有已發現並確定的昆蟲類約2000種。

所在地：沖繩縣
批准時間：2000年
類別：文化遺產

1879年設置沖繩縣以前，這裏一直是一個王國----「琉球王國」所在。從12世紀至17世紀，琉球在維持自己自治王國的地位的同時，作為日本、中國、韓國及東南亞之間的貿易中轉站，在外交、貿易方面曾非常活躍。通過國際間的貿易交往，琉球王朝吸收了來自海外的各種各樣的文化，從而逐步形成了自己獨特的文化。
其中，被稱為「GUSUKU」的石砌建築技術就是琉球所特有的，無論在技術層面上還是藝術層面上都充分表現出其文化的卓越。大多數GUSUKU內部都設有「拜所」，使之不僅成為村落的核心，直到今天還是眾多當地居民參拜神靈的地方。
被列入世界遺產名錄的「琉球王國的城邊遺址及相關建築」包括9處：今歸仁城址、座喜味城址、勝連城址、中城城址、首里城址、園比屋武御岳石門、玉陵、識名園、齋場御岳。